બાળકોના અધિકારની સંસ્થા નેશનલ કમિશન ફોર પ્રોટેકશન ઑફ ચીલ્ડ્રન રાઈટ્સ (એનસીપીસીઆર)એ મદરેસામાં ભણી રહેલા હિન્દુ અને બિન-મુસ્લિમ બાળકોને શોધીને તેમને બીજી સ્કૂલોમાં દાખલ કરવાના પગલાં ન લેવા બદલ ૧૧ રાજ્યો અને કેન્દ્રશાસિત પ્રદેશના મુખ્ય સચિવોને સમન્સ મોકલાવ્યું છે.
પંચે એક વર્ષ અગાઉ રાજ્યો અને કેન્દ્રશાસિત પ્રદેશોને કાર્યવાહી કરવાનું કહ્યું હતું પંચે કહ્યું હતું કે બિન-મુસ્લિમ બાળકોનો મદરેસામાં પ્રવેશ બંધારણની કલમ ૨૮(૩)નો છડેચોક ભંગ છે.
આ કલમ શૈક્ષણિક સંસ્થાઓને બાળકોના માબાપની પરવાનગી વિના કોઈ પણ ધાર્મિક શિક્ષણમાં ભાગ લેવાની ફરજ પાડવા પર પ્રતિબંધ મૂકે છે. મદરેસા સંસ્થા તરીકે બાળકોને ધાર્મિક શિક્ષણ આપે છે. પંચે વધુમાં કહ્યું હતું કે સરકારના ભંડોળ પર ચાલતી અથવા તો એની માન્યતા પ્રાપ્ત મદરેસાઓ બાળકોને ધાર્મિક શિક્ષણ અને થોડે અંશે ઔપચારિક શિક્ષણ આપે છે.
પંચના અધ્યક્ષ પ્રિયાંક કાનૂગોએ કહ્યું હતું કે પંચ બધા રાજ્યો અને કેન્દ્રશાસિત પ્રદેશોને છેલ્લા એક વર્ષથી કહે છે કે મદરેસામાં ભણવા જતા કે રહેતા બાળકોમાંથી હિન્દુ અને બીજા બિન-મુસ્લિમ બાળકોને શોધી કાઢો અને તેમને ત્યાંથી ખસેડીને બીજી સ્કૂલોમાં દાખલ કરો. જો કે રાજ્યોની આ આદેશની સતત ઉપેક્ષાને લીધે ૧૧ રાજ્ય અને કેન્દ્રશાસિત પ્રદેશોના મુખ્ય સચિવને દિલ્હીમાં બોલાવવામાં આવ્યા છે.