એએસાઈના સર્વે દરમિયાન ઘણા એવા પુરાવા સામે આવ્યા કે તેનાથી સમજી શકાય કે મસ્જિદ એક હિન્દુ મંદિરના ઢાંચા પર બનાવવામાં આવી છે. જ્ઞાનવાપીના વજુખાનામાં મળેલા કથિત શિવલિંગની પરિક્રમા કરવા જઈ રહેલા જ્યોતિષપીઠના શંકરાચાર્ય સ્વામી અવિમુક્તેશ્વરાનંદને પોલીસે આશ્રમના ગેટ પર અટકાવ્યા હતા. શંકરાચાર્ય સ્વામી અવિમુક્તેશ્વરાનંદે પોલીસને પૂછ્યું કે તમે મને સનાતનનું કામ કરતા કેમ રોકી રહ્યા છો? ત્યારે વારાણસી પોલીસે કલમ 144નો હવાલો આપીને શંકરાચાર્યને કહ્યું હતું કે હાલમાં અંદર જવાની પાબંધી છે અને જો તમારે અંદર જવું હોય તો લેખિતમાં પરવાનગી લાવવી પડશે છે.
શંકરાચાર્ય અવિમુક્તેશ્વરાનંદે લેખિત પરવાનગી માટે અરજી કરી હતી. શંકરાચાર્યએ જણાવ્યું હતું કે જો પરવાનગી નહીં મળે તો તેઓ લડત ચાલુ રાખશે. નોંધનીય છે કે જ્ઞાનવાપી મસ્જિદમાં કરેલા સર્વે બાદ એએસઆઈએ કહ્યું હતું કે અહીં એક મોટું ભવ્ય હિન્દુ મંદિર હતું અને તેને તોડીને તેના સ્ટ્રક્ચર પર જ મસ્જિદ બનાવવામાં આવી છે. ASIના સર્વે રિપોર્ટમાં જણાવ્યા પ્રમાણે જ્ઞાનવાપી મસ્જિદની જગ્યાએ મંદિર હોવાના 32 થી વધુ પુરાવા મળ્યા છે. એવું કહેવામાં આવ્યું છે કે આવા 32 શિલાલેખ મળી આવ્યા છે જે જૂના હિન્દુ મંદિરોના છે. ASI રિપોર્ટમાં એ બાબતનો પણ ઉલ્લેખ છે કે હિંદુ મંદિરના સ્તંભોમાં થોડો ફેરફાર કરવામાં આવ્યો હતો અને તેનો મસ્જિદના સ્તંભ બનાવવા માટે ઉપયોગ કરવામાં આવ્યો હતો.
