ઉલ્લેખનીય છે કે, નવા કુલનાયક માટે બનાવાયેલી સર્ચ કમિટી એ UGCના નિયમો મુજબ ન હોવાથી યુજીસીને ફરિયાદ કરાઇ હતી. ત્યાર બાદ યુજીસીએ કેન્દ્ર સરકારના પ્રતિનિધિ સાથેની નવી સર્ચ કમિટી બનાવવાનો આદેશ કર્યો હતો. ત્યાર બાદ ગૂજરાત વિદ્યાપીઠ દ્વારા નવી સર્ચ કમિટી તો બનાવાઈ અને કેન્દ્ર સરકારના પ્રતિનિધિ તરીકે જીટીયુના કુલપતિને પણ મુકવામાં આવ્યા. પરંતુ કેન્દ્ર સરકારના પ્રતિનિધિની ડૉ. ખિમાણીના કુલનાયક પદ માટે સહમતિ ન હોવા છતાં પણ નવા કુલનાયક તરીકે ડૉ. રાજેન્દ્ર ખિમાણીની વરણી થઈ હતી. આથી UGCએ રચેલી કમિટીની ભલામણો મુજબ વિદ્યાપીઠની સમગ્ર પ્રક્રિયાને ખોટી ઠેરવતા ગત નવે.માં ડૉ. ખિમાણીને દૂર કરવા વિદ્યાપીઠને આદેશ કર્યો હતો. જેની સામે ડૉ. રાજેન્દ્ર ખિમાણીએ કરેલા પીટિશનના કેસમાં પણ તાજેતરમાં ગુજરાત હાઈકોર્ટે તેઓની પીટિશન ફગાવી દીધી હતી અને યુજીસીના નિર્ણય મુજબ વિદ્યાપીઠને બે મહિનામાં અમલ કરવા આદેશ કર્યો હતો.
